예측운영과는 APEC기후센터(APCC)의 설립 고유 업무 수행을 위해 세계 유수현업기관 및 연구기관과의 협력을 통해 다중모델앙상블(MME, Multi-Model Ensemble) 예측시스템을 구축, 우리나라를 포함한 APEC 회원국 기상청 및 유관기관 대상으로 매월 15일경 기후감시 및 향후 6개월에 대한 예측정보를 제공하고 있습니다. APCC는 현재 전 세계적으로 가장 다양한 예측정보를 수집 · 가공하고 있으며(11개국 15개 기관 참여), 엘니뇨-남방진동(ENSO, El Nino-Southern Oscillation) 강도에 대한 확률예측정보를 유일하게 제공하고 있습니다. 또한, 2013년 7월부터는 세계 최초로 여름철 계절내진동 예측시스템(BSISO, Boreal Summer Intraseasonal Oscillation) 구축 · 운영하여 5-10월 기간 동안 매일 향후 2-3주에 대한 아시아지역의 계절내진동 예측정보를 제공하고 있으며, 지수기반의 예측정보를 좀 더 직관적으로 이해할 수 있도록 계절내진동에 기인한 아시아지역의 호우발생 가능성에 대한 확률예측정보를 함께 제공하고 있습니다. 

예측운영과는 기후예측시스템의 안정적 운영을 통한 예측정보제공뿐만 아니라, 예측시스템 및 예측정보 개선을 위한 기반 연구를 꾸준히 수행하고 있으며 이를 통해 최적의 예측정보를 제공하고자 합니다. 이와 더불어, APCC에서 생산 · 수집 · 가공된 기후자료를 사용자가 보다 효과적으로 활용할 수 있도록 APCC에서 자체 개발한 기후자료 제공서비스(ADSS, APCC Data Service System) 및 온라인 기후정보서비스(CLIK(CLimate Information toolKit), AIMS(APCC Integrated Modeling Solution) 등)을 운영하고 있습니다. 또한 기후정보서비스 확대 및 기술 확산을 위해 사용자 중심의 참여형 기후서비스 플랫폼 개발 및 APCC 온라인 기후정보서비스를 활용한 일반인 및 유관기관을 대상으로 교육 및 실습 등을 지속적으로 수행하고 있습니다. 

※ MME: 세계 각 기관에서 제공하는 다양한 예측정보를 체계적으로 통합하여 기후예측 정확도를 높이는 기법
※ BSISO: 15-60일 주기로 적도 인도양에서 발생하여 점진적으로 북 · 동진하여 아시아 지역의 여름철 몬순 시작과 대기순환, 날씨에 영향을 미치는 대규모 대류현상